交通費精算のやり方｜定期区間と二重請求

交通費精算でいちばん多いトラブルは、定期区間の二重請求です。通勤定期でカバーされている区間を、営業活動の交通費としても申請してしまう。これを「申請者のモラルの問題」として扱うと、いつまでも減りません。

原因は制度の構造にあります。 通勤費と交通費は別の制度で、しかも同じ区間を対象にしているため、境界で必ず重複が起きます。

本記事では2つの制度の違いから整理し、申請できる範囲がどう決まるのか、税務上の線はどこか、そして定期区間控除が機能の問題である前に規程の問題である理由を扱います。

この記事の要点

• 交通費は営業活動の移動費で、都度申請して立て替えた額が原則として全額戻ります。通勤費は自宅と職場の往復費用で、手当として扱われます。性質が違います。
• 通勤手当を受けている場合は、定期区間を申請から外す必要があります。両方を請求すると二重請求とみなされます。
• 通勤手当を受けていない場合は、定期区間も含めて交通費を申請できます。 自腹で買った私用の定期を業務で使った場合も、経費として申請できます。
• つまり申請できる範囲は人によって違います。だから定期区間控除は、システムの機能である前に誰が通勤手当を受けているかを台帳で把握する問題です。
• 税務上、公共交通機関を利用する場合の通勤手当の非課税限度額は月額15万円です。超えた部分は課税対象になります。
• 特急・指定席・高速バス・新幹線は領収書の添付が求められることが多いとされています。どこから証憑を要するかを規程で決めてください。
• システムの経路検索連動で防げるのは計算と重複の検知です。どの範囲を申請していいかという判断は規程側にしか置けません。
• 件数そのものを減らす方向もあります。立替が発生しなければ、精算は不要になります。

交通費と通勤費は別の制度

まず分けます。ここが曖昧なまま運用すると、重複が構造的に発生します。

	通勤費（通勤手当）	交通費（旅費交通費）
対象	自宅と職場の往復	営業活動のための移動
支給の形	手当として毎月支給	都度申請して実費精算
金額の性質	規程で定めた額	かかった実費
税務	月額15万円まで非課税（公共交通機関）	経費

交通費は営業活動を行うための移動費です。都度申請して、立て替えた額が基本的に全額返金されます。一方で通勤費は自宅と職場の往復費用で、手当として扱われます。

なお、交通費と旅費交通費を区別せずまとめて処理する会社もあります。勘定科目の扱いは社内規程によって異なるため、確認してください。

二重請求が起きる構造

ここが本記事の中心です。

2つの制度が同じ定期区間を対象にしているため、重なりが生じます。そして申請できる範囲は、通勤手当を受けているかどうかで変わります。

通勤手当を受けている場合

定期区間を申請から外す必要があります。 両方を請求すると二重請求とみなされます。

定期券で通勤している区間は交通費が発生しないため、精算書に記載しないよう注意が必要とされています。たとえば自宅から新宿までの定期を持っていて、新宿経由で渋谷の客先に行く場合、申請できるのは新宿から渋谷の分だけです。

通勤手当を受けていない場合

定期区間も含めた交通費申請が可能です。 会社から通勤手当の支給を受けていないなら、重複が発生しないためです。

さらに、自腹で買った私用の定期を取引先への訪問や営業の外回りで使用した場合も、経費として申請できます。自分で買った定期だから業務分を請求できないという理解は、正しくありません。

だから「申請できる範囲は人によって違う」

ここが運用の難所です。 同じ区間を移動しても、通勤手当を受けている人は申請できず、受けていない人は申請できます。

承認者が目で見て判断するのは無理があります。部署に20人いて、通勤手当の有無がばらついていれば、承認のたびに台帳を確認することになります。承認者が判断できない状態を放置すると、承認は形式化します。

定期区間控除は、機能の前に規程

経費精算システムには、経路検索と連動して定期区間を自動で控除する機能があります。これにより定期区間の重複申請を防ぎ、過払いを防止できるとされています。承認者や経理担当者が区間を一件ずつ確認する手間も省けます。二重申請を自動検知する機能を備えたシステムもあります。

ただし、ここで順序を間違えないでください。

自動控除が正しく効くのは、誰がどの区間の定期を持っているかがシステムに登録されている場合だけです。 登録されていなければ、控除する対象が分かりません。そして登録の前提として、誰に通勤手当を支給しているかという規程と台帳が必要です。

	どこで解決するか
運賃の計算、経路の妥当性	システム（経路検索連動）
同じ日に同じ区間の重複申請	システム（二重申請の自動検知）
定期区間の控除	システムで実行できるが、前提は台帳と規程
どの範囲を申請していいか	規程のみ

つまりシステムを入れれば二重請求が止まるわけではありません。止まるのは「ルールは決まっているのに人の確認が追いつかない」という状態のときです。ルール自体が決まっていないなら、先に決める必要があります。

交通費精算については事前にルールを設定し、従業員に周知しておくことが大切だとされています。周知まで含めて規程の仕事です。

スプレッドシートで管理している場合に何が破綻するかはスプレッドシートの経費精算管理が破綻する理由で扱っています。

税務上の線

公共交通機関を利用する場合の通勤手当の非課税限度額は、月額15万円です。これを超えた部分は課税対象（給与として扱われる）になります。住民税についても同様に、一定の限度額までが非課税とされています。

電車とマイカーなどを併用する場合は、1か月あたりの合計額が15万円以内であれば非課税となります。

2025年の改正では、マイカーや自転車通勤の限度額が対象となり、公共交通機関の15万円は据え置きとされています。あわせて片道2km未満は全額課税になったという情報があります。

なお、グリーン料金については限度額を超えるか否かを問わず課税されるという説明がありますが、出典が古いため現行の扱いは一次情報で確認してください。通勤手当の税務は国税庁「No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当」が一次情報です。

実務上の注意として、これは通勤手当（通勤費）の話です。 営業活動の交通費は経費なので、非課税限度額の話とは別です。ここを混同すると、15万円という数字を交通費精算に当てはめてしまいます。

証憑のルールを決める

特急・指定席・高速バス・新幹線などは、領収書の添付が求められることが多いとされています。一方で、電車やバスの普通運賃は領収書が出ないことが一般的です。

したがって規程で決めるべきは次の3点です。

1. どこから領収書を要するか — 金額の閾値か、交通機関の種別か
2. 領収書が出ない場合に何で代替するか — 経路の記録、ICカードの利用履歴
3. ICカードの履歴をどこまで使うか — チャージ額ではなく利用区間を見る

ICカードの連携機能を持つ製品では、履歴から明細を自動取得できます。楽楽精算 ワークフロー｜稟議も通せるのかで整理したとおり、交通系ICカード連携がオプション扱いの製品もあるため、見積もりの段階で確認してください。

電子帳簿保存法への対応は、領収書を電子で保存する場合に関わります。出張旅費精算の電子化とは？基本フローと進め方で扱っています。

交通費精算書に書くこと

交通費精算書は、外出や出張で発生した旅費交通費を後日精算するための書類です。最低限の項目はこうなります。

項目	注意点
日付	1件ごと。まとめない
訪問先・用件	「営業」ではなく具体的な相手先
経路（発駅・着駅）	定期区間を含むなら控除後の区間
交通機関	鉄道・バス・タクシー・新幹線など
金額	片道か往復かを明記
領収書の有無	添付が必要な種別かどうか

定期区間で通勤している場合、その区間は記載しないという点が最も間違いやすい部分です。様式に「定期区間を除く」と明記しておくと、申請時に気づけます。

承認者が判断しやすい申請書の作り方は稟議書の書き方｜通る順番と必須項目でも扱っています。承認者が最初に探す情報を上に置くという原則は、交通費精算でも同じです。

件数そのものを減らす方向

ここまでは「正しく精算する」話でした。もう一方の方向があります。

交通費精算の処理コストは、1件あたりの金額ではなく件数で決まります。 1件数百円の申請が月に数百件あれば、確認と仕訳の工数が支配的になります。単価を下げる余地はありません。

減らす方向は3つあります。

1. 立替を発生させない 法人カードや法人一括請求にすれば、従業員が立て替える必要がなくなります。立て替えがなければ精算も不要です。立替精算をなくす方法｜法人カード・一括請求の違いで手段を比較しています。

2. 出張分は手配の時点で会社払いにする 出張の交通費は、BTM（出張管理システム）で会社が手配すれば精算そのものが発生しません。日常の営業移動とは分けて考えられます。法人出張管理BTM13社比較｜選び方の6つの視点で選定の軸を整理しています。

3. 定期区間の設計を見直す 通勤手当の支給範囲が実態と合っていないと、毎月の控除作業が発生し続けます。在宅勤務が増えて定期を買わなくなった従業員に通勤手当を定額で出しているなら、実費支給に変える判断もあります。

よくある質問（FAQ）

交通費と通勤費の違いは何ですか？

交通費は営業活動のための移動費で、都度申請して立て替えた額が原則として全額戻ります。通勤費は自宅と職場の往復費用で、手当として扱われます。性質が違う別の制度です。

定期区間も交通費として申請できますか？

通勤手当を受けているかで変わります。受けている場合は定期区間を申請から外す必要があり、両方を請求すると二重請求とみなされます。受けていない場合は定期区間も含めて申請できます。

自分で買った定期を仕事で使った場合は？

自腹で購入した私用の定期を取引先への訪問や営業の外回りで使用した場合は、経費として申請できます。

通勤手当はいくらまで非課税ですか？

公共交通機関を利用する場合、月額15万円までが非課税です。超えた部分は課税対象になります。電車とマイカーを併用する場合も、合計が15万円以内なら非課税です。これは通勤手当の話で、営業活動の交通費は経費なので別の扱いです。

領収書は必ず必要ですか？

電車やバスの普通運賃は領収書が出ないことが一般的です。一方で特急・指定席・高速バス・新幹線などは領収書の添付が求められることが多いとされています。どこから必要かは規程で決めてください。

システムを入れれば二重請求は止まりますか？

止まるのは「ルールは決まっているのに人の確認が追いつかない」状態のときです。自動控除が効くのは、誰がどの区間の定期を持っているかが登録されている場合だけで、その前提として通勤手当の支給台帳と規程が必要です。ルール自体が決まっていないなら、先に決めてください。

交通費精算書に何を書けばいいですか？

日付、訪問先と用件、経路（発駅・着駅）、交通機関、金額、領収書の有無です。定期区間で通勤している場合は、その区間を記載しません。 様式に「定期区間を除く」と明記しておくと間違いが減ります。

交通費と旅費交通費は分けるべきですか？

会社によって区別せずまとめて処理する場合もあります。勘定科目の扱いは社内規程によるため、事前に確認してください。

1Approvalでの実現方法

1Approvalは、いま使っている承認ワークフロー（Microsoft 365、Teams、Google Workspace、kintone）の上で、承認が降りた時点で発注や手配まで完了させる仕組みです。

交通費精算との関係はこうなります。

	位置
経費精算システム	立替が起きたあと。精算を速くし、仕訳まで落とす
1Approval	立替が起きる前。承認の時点で会社払いを完了させる

交通費精算の負担は件数で決まります。立替が発生しなければ、その分の精算は不要になります。

• 承認と手配の間が消える — 承認後に個人が払う工程がなくなります
• 申請の入口が1つになる — 何をどこで手配するかに関わらず同じ場所から申請できます
• 費用が法人一括請求にまとまる — 従業員の立替と領収書の回収が発生しません
• 既存の承認基盤をそのまま使う — 承認フローを置き換えません

精算を速くするのではなく、精算する件数そのものを減らす方向の組み合わせです。

まとめ

交通費精算の二重請求は、個人の不正ではなく制度の境界で起きます。通勤費は手当、交通費は実費精算という別の制度が、同じ定期区間を対象にしているためです。

申請できる範囲は人によって違います。通勤手当を受けている場合は定期区間を申請から外す必要があり、両方の請求は二重請求とみなされます。受けていない場合は定期区間も含めて申請でき、自腹で買った私用の定期を業務で使った場合も経費になります。

だから定期区間控除は、システムの機能である前に規程の問題です。自動控除が効くのは、誰がどの区間の定期を持っているかが登録されている場合だけで、その前提に通勤手当の支給台帳があります。システムが解決するのは運賃の計算と重複の検知で、どの範囲を申請していいかという判断は規程にしか置けません。

税務上、公共交通機関の通勤手当の非課税限度額は月額15万円です。超過分は課税対象になります。これは通勤手当の話で、営業活動の交通費は経費なので別の扱いです。混同しないでください。

証憑については、特急・指定席・高速バス・新幹線などは領収書の添付が求められることが多いとされています。どこから必要かを規程で決め、領収書が出ない場合の代替（経路の記録、ICカードの利用履歴）も併せて決めてください。

まず自社の従業員のうち、誰が通勤手当を受けていて、どの区間の定期を持っているかが台帳で分かるかを確認してください。 ここが分からない状態では、どのシステムを入れても定期区間控除は正しく効きません。

主な参照先

• No.2582 電車・バス通勤者の通勤手当｜国税庁
• 交通費精算とは｜マネーフォワード クラウド
• 交通費精算のルール｜ジンジャー
• 通勤手当の課税・非課税｜freee
• 交通費精算書の書き方｜バクラク

※本記事は2026年10月時点の公開情報をもとに整理したものです。通勤手当の非課税限度額や課税の取り扱いは改正されることがあり、グリーン料金の扱いなど一部は出典が古いため、税務の判断は国税庁の一次情報および顧問税理士にご確認ください。交通費と旅費交通費の区別、証憑の要否は社内規程によって異なります。